En 1856, le 100e anniversaire de la naissance de Mozart, une association a été créée dans le but de mettre en place une école de musique, une bibliothèque, des archives et une salle de concert, consacré à Mozart. Divers bâtiments dans la région intérieure de la ville de Salzbourg ont été examinés et finalement il a été décidé d'acheter la villa de l'ancien ministre de l'Intérieur, Josef von Lasser, dans le Schwarzstrasse. Les travaux de conversion a eu lieu de 1910 à 1914 selon les plans établis par Richard Berndl. Le style est primordial historicisme tardif caractéristique de Munich, et les détails élégants ont été combinés avec des éléments de la tradition baroque local, de l'art nouveau et l'art de la construction patriotique. En 1917, le conseil des gouverneurs de la Fondation internationale Mozarteum élu Bernhard Paumgartner à l'unanimité en tant que directeur de ce qui était à l'époque une véranda. Cela est devenu plus tard une académie puis l'Académie Mozarteum de musique et d'art dramatique, et dans l'intervalle, il a obtenu le statut d'université. Pendant la période où Paumgartner était directeur, cet institut éducatif a connu un grand essor: en particulier plusieurs productions de théâtre musical a eu lieu dans le cadre du "Mozarteum Opera Series" et c'est grâce à son initiative que ces représentations ont eu lieu dans la ville de Salzbourg Théâtre (maintenant le Théâtre du Land). 

Les problèmes financiers de la Fondation internationale Mozarteum a été compensée par la nationalisation de la partie de l'enseignement de l'œuvre de la fondation en 1922, avec le résultat que de nos jours deux organes complètement séparés existent. L'Université Mozarteum a entre-temps déplacé la plupart de ses services dans son propre édifice sur la Mirabellplatz. 

La Fondation internationale Mozarteum a coopéré étroitement avec le Festival de Salzbourg depuis 1921: la Grande Salle du Mozarteum est l'un des principaux lieux de la série de concerts en particulier parce qu'il est excellent pour la performance de la musique de chambre. Les Matinées Mozart, concerts du matin donnés le week-end pendant le Festival de Salzbourg, ont été mis en place par Bernhard Paumgartner et ont dans l'intervalle supposé statut légendaire. En 1930, les premiers cours pour la conduite et les instruments de musique ont eu lieu et cette initiative est devenu plus tard l'Académie internationale d'été du Mozarteum. Tous les conférenciers de renom de l'année viennent avec des étudiants de musique enthousiastes de partout dans le monde à entrer dans un dialogue artistique animée.