Argumento
Actualmente, es frecuente que se represente la versión de 1872, con el agregado de la escena frente a la Catedral de San Basilio de la versión de 1869, de tal forma de incluir la máxima cantidad de escenas compuestas por Músorgski, y darle una aparición adicional al personaje protagónico. En la reseña del argumento que se indica a continuación se describe el argumento de la versión de 1872 con el agregado de la escena mencionada como escena 1 del acto IV.
Prólogo
Escena 1
Ante el Monasterio de Novodévichi, en Moscú, la multitud, obedeciendo las órdenes de los soldados, se lamenta amargamente. Dentro del monasterio se encuentra Borís Godunov, quien como acaba de declarar Schelkálov, secretario del consejo de Estado, no quiere aceptar el trono, a pesar de los deseos de los nobles y del clero. Llega un grupo de peregrinos y entra en el monasterio. Los soldados ordenan a los congregados que se presenten ante el Kremlin al día siguiente.
Escena 2
Al siguiente día el pueblo está congregado en la explanada del Kremlin de Moscú. Shuiski vitorea a Borís, que al final ha aceptado su nombramiento, y que ahora se presenta ante la multitud con los atributos de zar. Se dirige al pueblo y sus palabras revelan la turbación de su espíritu. El pueblo le aclama.
Acto I
Escena 1
En el monasterio de Chúdov, durante la noche un anciano monje, Pimen, escribe una crónica de Rusia. Grigori Otrépiev, un joven monje que duerme en la celda, se despierta. Pide a Pimen su bendición y el anciano se la otorga, en tanto que se oye como fondo el cántico de los monjes. Ahora Otrépiev relata al anciano monje un sueño que ha tenido y que le atormenta: una multitud en Moscú le señalaba con gesto desdeñoso. Pimen a su vez le dice cómo él mismo vio, hace dos años, el cuerpo del joven príncipe Dmitri, hijo del último zar, y que había sido asesinado por orden del usurpador Borís Godunov. Grigori queda profundamente impresionado y Pimen señala que si Dmitri viviera tendría la misma edad que Grigori. Al salir el anciano para los oficios de maitines Grigori lanza una amenaza dirigida al zar Borís Godunov, decidido a hacerse pasar por el zarévich Dmitri.
Escena 2
En una posada junto al camino, la posadera está cantando mientras trabaja. Llegan dos monjes vagabundos, Misaíl y Varlaam, seguidos de Grigori, vestido ahora con ropas de campesino. Los monjes beben; Varlaam entona una chispeante canción (Una vez en la ciudad de Kazán) que trata de las hazañas militares del zar Iván el Terrible. Grigori se mantiene retraído; tiene el propósito de hacerse pasar por el príncipe Dmitri y reclamar su derecho al trono de Rusia, para lo cual quiere atravesar la cercana frontera con Lituania, que en aquel tiempo formaba parte del reino de Polonia. Llaman a la puerta y entran unos guardias de la frontera, anunciando que llevan la orden de arresto para un tal Grishka (diminutivo de Grigori) Otrépiev. Los guardias, analfabetos, dan a leer el escrito a Grigori, que falseando lo escrito, hace una descripción de la persona buscada que corresponde a uno de los dos monjes: Varlaam. Finalmente Varlaam lee correctamente lo que hay escrito en la orden, pero entre tanto, Grigori ha logrado escapar de allí.
Acto II
En un salón del Kremlin, Xenia, la hija de Borís, se lamenta de la muerte de su prometido. Su pequeño hermano, Fiódor, está entusiasmado con un reloj mecánico. La nodriza trata de consolar a Xenia, cantándole una canción festiva sobre un mosquito. Después de otra canción, entonada por la aya y Fiódor, entra Borís y se marchan Xenia y la nodriza. Fiódor, ante un mapa de Rusia, muestra orgullosamente a su padre sus extensos dominios. Luego, Borís canta la infelicidad que lo atormenta y la desgracia que presiente y cómo lo hostiga el recuerdo del asesinado Dmitri (Tengo el supremo poder). Se oye ruido fuera. Entra un boyardo con noticias acerca de unos disturbios originados por Shuiski. Vuelve a entrar Fiódor y dice a su padre que el ruido lo había causado una cotorra mal educada. Entra Shuiski y Borís lo acusa de conspirador. Pero Shuiski le dice, a su vez, que ha aparecido en Lituania un pretendiente que se hace llamar Dmitri. El nombre conmociona a Borís, que pide a Shuiski confirmación de que el príncipe Dmitri murió realmente. Solo en la estancia, presa de agitación, Borís imagina que las figuras mecánicas del reloj, que empieza a sonar, son una visión del joven asesinado.
Acto III
En el castillo de Sandomir, en Polonia, la princesa Maryna, está siendo vestida por sus damas. Pero ella no presta atención alguna a las ligeras canciones que cantan sus acompañantes para distraerla, su pensamiento está puesto en la gloria de Polonia y espera que Dmitri, de quien se ha enamorado, la convierta en zarina de Rusia. Su confesor, el jesuita Rangoni, le dice que con el triunfo de Dmitri ella debe llevar la religión católica a Rusia. Maryna no se muestra muy dispuesta al principio, pero después accede.
Escena 2
En el jardín del castillo, a la luz de la luna, el enamorado Grigori o Dmitri espera a Maryna. Aparece Rangoni, dirigiéndose a él como al zarévich y pidiéndole que lo acepte como su guía espiritual. Se escucha una polonesa; Maryna, acompañada de sus huéspedes, pasea con un noble anciano; los reunidos cantan el próximo triunfo de Polonia sobre los rusos. Entra de nuevo Maryna. Obediente a los consejos de Rangoni, rechaza desdeñosa las palabras de amor de Dmitri y le dice que su deber es llegar a ser zar de Rusia. Después de una breve discusión, se reconcilian. Mientras que Rangoni, que desde un lugar oculto, ve lo sucedido, se regocija.
Escena 1
Acto IV
Escena 1
Una multitud espera frente a la Catedral mientras se lanza el anatema contra el usurpador. Los hombres dan por cierto que el usurpador es realmente Dmitri y que no tardará en recuperar el trono que le corresponde.
Un grupo de niños se burla de un inocente y le roban un kópek (moneda); el inocente llora. Borís sale del templo junto a su comitiva, mientras el pueblo clama por pan. El zar pregunta al inocente por la causa de su llanto, y este replica pidiendo que haga matar a los que le robaron su kópek, como hiciera un día con el zarévich niño. Borís detiene con un gesto a los que se apoderan del hombre y le pide que rece por él, pero el inocente responde que no puede rezar por un zar Herodes, ya que la Virgen lo prohíbe.
Escena 2
El consejero de Estado boyardo está reunido en el Kremlin. El secretario del consejo, Schelkálov, anuncia la petición de ayuda de Borís para hacer frente al pretendiente, el supuesto Dmitri. El consejo la otorga. Shuiski, que es sospechoso de rebelión, entra, y al darse cuenta de que Borís, observado secretamente, está temblando, declara que ha visto el fantasma del asesinado Dmitri, y grita: Fuera niño. Borís, enfermo, se levanta tambaleante, dice unas pocas palabras y se sienta. Shuiski, después de haber pedido permiso, entra acompañando a un monje que ha solicitado audiencia. Se trata de Pimen, que dice que, habiéndose quedado ciego, visitó la tumba del zarévich asesinado, Dmitri, y quedó milagrosamente curado. Borís se hunde. Sabiendo que su muerte está cercana, manda llamar a su hijo y despide a los boyardos. Suenan las campanas. Borís dice a Fiódor que desconfíe de los boyardos y que defienda al pueblo y a la Iglesia rusa. Se escuchan voces a lo lejos, entran de nuevo los boyardos y Borís muere.
Escena 3
En un claro del bosque cerca de Kromy, la turba apalea a Jruschov, un boyardo seguidor de la causa de Borís. Misaíl y Varlaam, los monjes vagabundos, entran en escena y se ponen al frente de la turba alabando a Dmitri. A la alabanza se unen dos jesuitas, Lavitski y Chernikovski, quienes cantan en latín, pero el grupo se vuelve contra ellos y se los llevan al interior del bosque para ahorcarlos. Anunciado por una trompeta, entra Dmitri a caballo y la multitud le aclama. Dmitri, entonces, grita: ¡A Moscú! Entre bastidores se escucha la oración de los jesuitas. Todos siguen a Dmitri, dejando solo en el escenario al inocente que canta a la infeliz Rusia...